Der Markt Rotthalmünster verdankt seine Entstehung dem ältesten adeligen Eigenkloster, das uns in den Schriftquellen Bayerns überhaupt begegnet. Schon unter dem agilolfingischen HerzogHugibert (725-737) gründete der weitversippte Edle Wilhelm ein Nonnenkloster, das aber den Ungarnstürmen zum Opfer fiel.

Der Name "Münster" (der Ortsname Rotthalmünster wird erst ab Mitte des 18. Jahrhunderts geführt) ist also auf das Kloster, das "Monasterium", zurückzuführen.

Der Ort gehörte um 1150 den Grafen von Vornbach und Neuburg und kam anschließend an die Wittelsbacher Herzöge. Er wurde bereits im 13. Jahrhundert als Markt (Forum) bezeichnet und im Jahr 1343 begabte Ludwig der Bayer den Ort erneut mit dem Marktrecht und legte so den Grundstein zu seinem späteren wirtschaftlichen Aufblühen.